Historia marki Black Bottle rozpoczyna się w 1879 roku w szkockim Aberdeen. Trzej bracia Graham – Charles, David i Gordon – prowadzili tam interes zajmujący się mieszaniem herbaty. Gdy postanowili przenieść swoje doświadczenie z kompozycji smaków na rynek alkoholowy, stworzyli mieszankę whisky słodowych i zbożowych o specyficznym, dymnym profilu. Nazwa marki pochodzi bezpośrednio od czarnego, niemieckiego szkła, w którym początkowo rozlewano trunek.

Wybuch I wojny światowej w 1914 roku wymusił istotną zmianę w wizerunku marki. Dostawy czarnego szkła z Niemiec zostały wstrzymane, co zmusiło właścicieli do przejścia na standardowe, zielone butelki. Stan ten utrzymywał się przez niemal stulecie, aż do 2013 roku, kiedy firma postanowiła powrócić do pierwotnego wyglądu i reaktywować czarne opakowanie.

Profil smakowy Black Bottle na przestrzeni lat ulegał modyfikacjom wynikającym ze zmian w strukturze własnościowej. Przez znaczna część XX wieku trunek opierał się w dużej mierze na słodach z wyspy Islay, co nadawało mu silny, torfowy charakter. W ramach reformy marki w 2013 roku zmieniono recepturę tak, aby zbliżyć ją do pierwotnej kompozycji braci Graham z XIX wieku. Zmniejszono udział dominujących torfowych destylatów z Islay na rzecz bardziej zbalansowanej mieszanki słodów z regionu Speyside oraz whisky zbożowych, zachowując jednak wyczuwalny akcent dymny i przyprawowy.